Eran muy frecuentes las visitas de la reina a Toledo, de hecho, fue aquí donde nació su hija JUANA.
Siempre que venía, solía visitar a su amiga, SANTA BEATRIZ DE SILVA, que fue dama de compañía de su madre y quien la crió sus primeros años de vida. Su vínculo de amistad con la reina, su presencia muchas veces en la corte, así como una importante influencia en ella, dio lugar a que Isabel y Beatriz, llevaran a cabo la fundación conjunta de la Orden de la Inmaculada Concepción, de carácter católico Romano y de clausura monástica.
El papel de la reina Isabel fue fundamental, tanto para la creación de la orden, como la de este convento, del que la mayoría de las reformas se hicieron bajo su mandato.
La buena reputación de la reina en Roma por su lucha por implantar el cristianismo en Al-Andalus, fue indispensable para que se aprobaran sus constituciones por el Papa Inocencio VIII. El 30 de abril de 1489, con la “Bula Inter Universa”, el Papa aprueba la fundación de la orden de la Inmaculada Concepción.
En 1484, La reina Isabel dona el convento de Santa Fe en los Palacios de Galiana a su amiga Beatriz para crear la orden, donde ingresa con otras doce religiosas, hasta que en el año 1501, traslada a los franciscanos al monasterio de San Juan de los Reyes, hecho expresamente como mausoleo para enterrarse los Reyes Católicos, y a estas les cede el que actualmente es este Edificio, el Monasterio de la Inmaculada Concepción.
La popularidad de esta orden no tardó en expandirse, y en la actualidad, es el convento madre con 166 conventos repartidos por todo el mundo
Una de las muchas curiosidades de este edificio, es que coincidieron aunque en distinta época, las dos ISABEL I de CASTILLA que hemos tenido, una obviamente Isabel la Católica, y la otra Zaida, la Reina Mora, que tras convertirse al cristianismo para casarse con Alfonso VI, tomó el nombre de Isabel I de Castilla.
Tras la muerte del rey, y al tener muchos detractores ese matrimonio por lo mal visto que estaba casarse un cristiano con un musulman, sacaron el bulo de que era su amante y desapareció del linaje real. De no haber sido así, La Católica hubiera sido Isabel II.